El Castillo de San Marcos es uno de los edificios más representativos de la Ciudad. Sus torres y almenas, recortándose sobre el cielo portuense, constituyen una silueta inconfundible y probablemente una de las imágenes más antiguas del conjunto arquitectónico de El Puerto. Pero, aunque de todos reconocido, son pocos los que han penetrado al interior de su historia. Su evolución ha ido pareja al desarrollo urbanístico local, hasta convertirse en edificio simbólico durante distintas épocas, de forma que lo que hoy conocemos es producto de varias transformaciones desde la primitiva edificación alrededor del siglo X.
En su origen se trataba de una antigua mezquita -de orientación NO-SE, el edificio más importante de la aldea musulmana de Al-Qanatir. El templo musulmán fue levantado con materiales de acarreo, probablemente procedentes de otro edificio romano más antiguo. Poseía planta de tres naves dividida en cuatro tramos, patio -sahn-, alminar o torre y el muro principal o muro de la quibal, en cuyo centro se abría un recinto sagrado -el mihrab-. Tanto el muro de la quibla como el mihrab, aún se conservan en la construcción moderna. A esta primera época correspondería igualmente una antigua inscripción en uno de los accesos primitivos del edificio.
La segunda etapa del edificio se corresponde con su transformación en santuario cristiano, producida a mediados del siglo XIII y vinculada a la conquista castellana de la zona por Alfonso X entre los años 1257 y 1260. La ocupación alfonsí estaba ligada a la elección del lugar -magnificamente situado- como punto defensivo de toda la comarca y centro de aprovisionamiento de la flota castellana para sus expediciones. Todos estos acontecimientos fueron narrados con matices poéticos en las Cantigas de Santa María, principalmente la 328, en las que también se menciona la reconstrucción del santuario, concluido en torno a 1268-1279. Unos años después debió sufrir remodelaciones al tiempo que se rodeaba a la ciudad de muralla. Posiblemente en 1272 se instaló en él la Orden de Santa María de España.
En la iglesia-fortaleza de Santa María -conocida a partir de los siglos XIV-XV como Castillo de San Marcos- se emplearon sillares y columnas romanas de acarreo. Varias de estas columnas se conservan hoy adosadas a pilares. Esta reforma y construcción cristiano fue comenzada por el alarife Alí en los primeros años de la ocupación castellana y el edificio fue pronto convertido en un importante centro de peregrinación que destacaría como elemento singular de la población.
La reconstrucción le afectó en su totalidad realizándose una serie de importantes transformaciones en los aspectos exterior e interior. S eabandonó el antiguo eje transversal de la capilla hacia el muro de la quibla, orientándola al lado norte, y abirendo una capilla mayor o ábside que se convertiría entonces en principal. Esta nueva cámara es de estilo gótico y se cubre con bóveda de crucería. La capilla ocupa la parte inferior de la torre principal del castillo -Torre del Homenaje- que se levantó probablemente en el mismo lugar donde podía haber estado el alminar de la antigua mezquita. Con el cambio de orientación, y para adaptar la visibilidad, debió abrirse una puerta en recodo en el lado opuesto al ábside. Se amplió igualmente todo el oratorio a costa del patio -que quedó muy reducido- contando el edificio a partir de entonces, las siete naves en forma de gran sala que queda a la izquierda de la entrada actual. La reforma afectó también a la cubrición.
El edificio adoptó la forma de un recinto rectangular flanqueado por ocho torres. Todas ellas poseen decoración almohade, están rematadas por almenas en picos y presentan antiguos signos de canteros en sus zonas bajas. El conjunto se rodea de una muralla o cerca no muy alta.
La otra gran transformación se produjo a fines del siglo XV y principios del XVI (1454-1501), cuando se realizaron nuevas obras de reforma y consolidación del conjunto a cargo de D. Luis de la Cerda, duque de Medinaceli. Estas consistieron en el recrecido de las torres incluida la del Homenaje y la torre sur -que ostenta el blasón de la casa de La Cerda-, el refuerzo de la cerca exterior, la apertura que da a la plaza y la construcción de un nuevo cuerpo adosado a modo de sacristía, con lo que se potenciaron nuevamente sus valores militar y religioso. Esta nueva pieza es una sala alargada cubierta por bóvedas de crucería góticas y decorada posteriormente con elementos neogóticos entre los que destaca un retablo. Desde la Sacristía, que sería definitivamente finalizada en el siglo XVII por el arquitecto Francisco de Guindos, se accede a la antigua puerta en recodo de la época alfonsí.
Posteriormente sufriría nuevos cambios; así al siglo XVIII corresponden la espadaña y el campanario de la torre principal.
El Castillo fue sede del Concejo hasta 1729, año en que se produce la incorporación de El Puerto a la Corona castellana tras un largo periodo de dependencia señorial de los Medinaceli. Fue utilizado como iglesia hasta el siglo XIX y más tarde se readaptaría para viviendas, hasta que a mediados del presente siglo se acometiera la última gran remodelación, en la que el edificio adoptó su actual imagen.
En las reformas realizadas por el investigador portuense D. Hipólito Sancho, se restauraron interiores y exteriores, reunificándose su doble origen islámico-gótico: al interior se añadieron arcos de herradura y elementos decorativos como cordobanes, vidrieras, una reja, el recubrimiento interior del mihrab.... En el exterior, corresponde a estos años la decoración pictórica de castillos y leones y las leyendas marianas, al igual que toda la restauración de torres y almenas, que en aquellos años se encontraba en pésimas condiciones. Estilos almohade y gótico vuelven a fundirse nuevamente como en su primitivo origen. También recientemente se han producido nuevas obras de mantenimiento y recuperación del edificio y la restauración de la cerca exterior y torres.
El Castillo de San Marcos constituye fachada principal de la tradicional plaza que comparte su nombre con el del rey que lo mandara reconstruir en la época fundacional de la ciudad. Declarado Bien de Interés Cultural desde 1920 -por entonces con categoría de Monumento Nacional- sus muros custodian la imagen gótica de Santa María de España (S. XII-XIII), tan vinculada a El Puerto
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